Nació 12 de mayo de 1777 en una familia de las muchas que en las Indias españolas disponían de rancio abolengo y prestigio, pero pocos recursos económicos. Llegó a Caracas el 9 de mayo de 1802 traído por su tío, el Dr. Francisco Javier Socarrás, médico y boticario cuyo consultorio y farmacia quedaba en la esquina que hasta hoy lleva su apellido en la bulliciosa capital venezolana. El 28 de junio de 1806 obtuvo el título de Licenciado en Derecho Civil y Canónico expedido por la Real y Pontificia Universidad de Caracas. Contrajo nupcias con María de Socarrás y Venza, hija adoptiva de su tío, apenas 10 días antes de los sucesos del 19 de abril de 1810[1]. Inmediatamente se involucró en los movimientos políticos que a partir de ese día iniciarían la transformación de la vida social y cultural de la hasta entonces poco reluciente Capitanía General de Venezuela. El 14 de agosto del citado año, Yanes se encontrará entre los fundadores de la muy activa y virulenta Sociedad Patriótica.
 Los manuscritos de estas obras (gran cantidad de borradores, notas y apuntaciones que luego hilvanaría para darle estructura a cada relato) más los documentos que utilizó como fuente, incluso las galeradas o pruebas de imprenta de lo que sería la segunda edición de la única obra que publicó en vida, fueron guardados celosamente por el Dr. Yanes en su archivo, junto con documentos de la época colonial y otros muchos más provenientes de sus diversas actuaciones como funcionario público, destacando entre ellos los de la Corte de Almirantazgo desde su establecimiento en Villa del Norte (1819) hasta su supresión en Caracas (1822). Tras la muerte de Francisco Javier Yanes, ocurrida el 17 de junio de 1842, este voluminoso archivo quedó en custodia de sus deudos, primeramente de sus hijos Francisco Javier y Emilio, luego de sus yernas Trinidad Ascanio de Yanes e Isabel Martín de Yanes, y posteriormente de sus nietos.

organización de los documentos de este voluminoso archivo participó junto a Vicente Lecuna la experta paleógrafa Esther Barret de Nazarís. En este punto debemos señalar, sin embargo, varios errores que se cometieron cuando se encuadernaron los documentos que hoy pueden dificultar la investigación. En primer lugar, destacaremos uno muy frecuente a la hora encuadernar manuscritos anteriores al siglo XX, y es el hecho que no se dejó suficiente margen entre la escritura y el borde donde se realizó la costura de los legajos y folios, dando como resultado que muchos documentos queden parcialmente ocultos entre las juntas de encuadernación y su lectura completa, en algunos casos, se haga imposible. Otro error común, aunque menos frecuente verlo en los varios trabajos que de este tipo realizara la dupla Lecuna-Barret de Nazarís, es que muchos folios fueron intercalados donde no correspondía, dejando una o varias hojas de un documento dispersas entre otros sin relación, dando como resultado que se rompa la continuidad original, el sentido de la lectura y dejando la sensación de que el documento está incompleto cuando lo que realmente ocurres es que se encuentra disperso; incluso encontrándose partes de un mismo documento en varios tomos. Esto puede verse, por ejemplo, en el borrador de la Representación de la Corte de Almirantazgo en el que se reclama lo escaso de las remuneraciones asignadas al Presidente y Fiscal de dicho cuerpo, el cual inicia en los folios 17 al 18 del tomo XXII y concluye en los folios 115 al 116 del mismo tomo; o la solicitud de suspensión de imposición de cuotas mensuales a varios vecinos que hace el Teniente Justicia mayor del pueblo de Maracay, que parte del folio 165 quedando inconcluso en el 170 del tomo III y la parte final se encuentra en los folios 223 y 225 del tomo III bis.      
Nacional de la Historia, Herminia Méndez Sereno publicó el Índice de Títulos de este voluminoso archivo, inserto en su trabajo “El Almirantazgo Republicano 1819-1822”, volumen 89 de la serie Fuentes para la Historia Republicana de Venezuela, páginas 193 a 490; seguido de un Índice Onomástico y de otro Analítico-Geográfico. Este instrumento de consulta permite recuperar la información que ofrece el archivo de Francisco Javier Yanes describiendo cada uno de los documentos de un tomo mediante la asignación de un título que indica, generalmente: el nombre de personas, lugares, asunto, fechas y números de folios que intervienen en la creación del documento en cuestión. Que los investigadores cuenten con este tipo de instrumentos de descripción fuera de los espacios del archivo que conserva los documentos, facilita en gran medida la localización de determinado documento, reduce la manipulación de los originales que por más que se traten con sumo cuidado, siempre se verán afectados por esta, y ahorra mucho tiempo al investigador y espacio a los archivos. Sin embargo, en este caso particular, se obvió alguna información indispensable tanto para el investigador como para el control interno del archivo, y es que al momento de describir la gran cantidad de manuscritos que conforman el archivo Francisco Javier Yanes, en muchísimos casos no se detalló si se trata de un original o una copia; y en el caso de las copias si estas son autenticadas o simples, coetáneas o posteriores.
 La calificación de padre de la historia venezolana para Francisco Javier Yanes le fue dada por otro acucioso cultivador del arte de Clío, Vicente Lecuna: “El Dr. Francisco Javier Yanes es el padre de nuestra historia. Él fue el primer venezolano que logró formar una colección de documentos históricos y junto con el Dr. Cristóbal de Mendoza publicó la ´Colección de Documentos para la vida pública del Libertador de Colombia y del Perú, Simón Bolívar´”[16]. Si bien el hallazgo de posteriores datos haría corregir a Lecuna el origen de la publicación de la “Colección de documentos…”, es un hecho que Yanes fue el primero que publicó una historia venezolana inspirado en la concepción de “historia patria” que se forjó en el siglo XIX[17]. Que hoy se conserve el conjunto documental por él producido y reunido enriquece nuestro patrimonio documental; y brinda una herramienta de capital importancia, pues las fuentes originales son indispensables para el historiador ya que hacen científica a la disciplina, permiten descubrir, estudiar y analizar circunstancias, fenómenos y hechos en el abordaje histórico.